Wij hebben voorlopig 3 manieren van bestrijding uitgeprobeerd:
begrazen met runderen en paarden: heeft zeer goede resultaten; vooral runderen eten zeer graag Japanse duizendknoop; vroeg in de lente is het één van de eerste soorten die schiet en vers groen biedt aan de dieren, maar de scheuten worden het gehele jaar door begraasd. Na 10 jaar begrazing is de Sachalinese duizendknoop volledig verdwenen. De japanse duizendknoop blijft in minivorm (< 10 cm) aanwezig, maar soms wel veel scheuten. Op de plaatsen waar vroeger monovegetaties van Japanse duizendknoop voorkwamen staan na 10 jaar soortenrijke ruderale vegetaties met voornamelijk inheemse soorten.
4-5 x maaien per jaar: duizendknoop blijft (vanzelfsprekend) kleiner, er verschijnen kruiden en grassen tussen de Japanse duizendknoop, maar het resultaat is na 6 jaar duidelijk minder spectaculair dan bij begrazing.
afdekken met matten en folies: duizendknoop schiet door kleinste gaatje door, duwt het geheel naar boven, de toegepaste technieken waren niet succesvol.
Chemische bestrijding werd voordien enkele malen toegepast: een eenmalige glyfosaat (Roundup) behandeling leidde tot afsterven van bovengrondse delen en in eerste instantie tot een sterke afname van het aantal scheuten, maar een eenmalige behandeling is zeker niet voldoende, na twee jaar zien de behandelde plekken er terug uit als voordien.
Chemische bestrijding wordt momenteel uit principe niet toegepast in het natuurgebied.
We hebben de Japanse duizendknoop nog met geen enkele methode kunnen uitroeien. Indien begrazing of regelmatig maaien gestopt wordt zal de soort meer dan waarschijnlijk zijn dominante positie snel heroveren.
Onder begrazing is de ecologische impact van de duizendknoop wel sterk ingeperkt. I.p.v. uniforme duizendknoopbestanden ontstaan soortenrijke ruderale graslanden.