Omwille van de plaatselijk zeer ongelijkmatige opstortingen in het gebied is er een zeer grote verscheidenheid in reliëf die het haast onmogelijk maakt om een duidelijke en gedetailleerde beschrijving ervan te geven. De Populierenaanplanting ligt over het algemeen echter ruim 1 meter lager dan de rest van het gebied. Ook Plevierenhoek ligt enkele meters lager dan het omliggende opgestorte gedeelte (Nieuwe Graspolder). Het Rietveld, gelegen in het noordwesten van het gebied ligt samen met de Oude Boomgaard ongeveer 0,5 tot 1 meter lager dan de omliggende delen.
Het microreliëf ontstaan als gevolg van de ongelijkmatige opstorting geeft aanleiding tot het ontstaan van nat-droog gradiënten.
De bovenste bodemlagen in het grootste deel van de Hobokense Polder bestaan uit aangevoerd materiaal (2 tot 5 m). Hieronder vinden we het alluvium, een relatief ondoorlatende laag bestaande uit kleigronden en veen. Hieronder bevindt zich het watervoerend kwartair zandcomplex welk rust op de ondoorlatende Boomse klei.
Als gevolg van de opstortingen bestaan de bovenste bodemlagen waarschijnlijk uit erg heterogeen materiaal. Aan de hand van enkele boringen uitgevoerd in 1992 kunnen een aantal zaken afgeleid worden. In eerste instantie werd bevestigd dat de ondergrond uit een sterk wisselende samenstelling bestaat. In het Centrale deel bleek de aard van de ondergrond echter in haast alle boringen te bestaan uit het Antwerpiaan (afkomstig van de uitgraving van de Kenedytunnel). Deze grondlaag is overal bedekt met een laag humus (gemiddelde dikte 10 - 20 cm) welke donkerbruin van kleur is. Het Antwerpiaan is een kleiige zandgrond die een relatief klein permeabiliteitsvermogen bezit, m.a.w. het water loopt hier niet zo makkelijk doorheen. Doch dit vermogen is afhankelijk van de aanwezige hoeveelheid klei. Deze blijkt nogal te variëren doch op een diepte van ongeveer 1 meter vinden we hiervan plaatselijk grotere hoeveelheden terug.
Tot op heden werd geen diepgaand onderzoek uitgevoerd naar de hydrologie van het gebied. Wel kan aan de hand van waarnemingen en enkele boringen op geringe diepte afgeleid worden dat Hoboken Polder voornamelijk afhankelijk is van de neerslag (ombrotroof). De aanwezigheid of het voorkomen van kwel is tot op heden niet aangetoond. De grote verschillen in waterpeil tussen winter en zomer duiden eveneens op afwezigheid van kwel. De rode kleur van enkele afvoergrachten in de populierenaanplanting kunnen erop wijzen dat hier lokaal wel kwel optreedt.
De oppervlakkige afvloeiing van het water gebeurt in noordelijke richting; van het Rallegat naar het Broekskot, Barberven, Reigershoek en uiteindelijk in de Leigracht. Via de Leigracht wordt het water terug in zuidelijke richting vervoerd (Polderstad). Tevens bevinden zich in het gebied enkele afvoergrachten (Plevierenhoek, Stort) waar het water vrij snel uit het gebied wordt geleid.
Inzake ondergrondse afvloei is minder geweten. Het grondwaterpeil blijkt niet overal even diep te zitten, ofwel is dit het gevolg van nauwelijks merkbare hoogteverschillen in het microreliëf, ofwel hebben we te maken met een verschillende ondergrond (dieper dan 1.5 meter). Aangezien de bodem in het Centrale deel overal uit kleiige zandgrond bestaat, kunnen we veronderstellen dat deze een redelijk moeilijk doordringbare laag vormt. Doch om enige zekerheid te krijgen omtrent het belang van deze laag voor de instandhouding van het waterpeil in het Centrale deel, is verder onderzoek noodzakelijk.
Het Antwerpiaan vormt een uniforme laag van minstens 1.5 meter dikte welke ons toelaat om een laag af te graven van ongeveer 50 centimeter zonder de huidige waterhuishouding ingrijpend te wijzigen.